Периодически бывает, что по заявлению налоговой юридическое лицо ликвидируют, несмотря на то, что у него на балансе остается имущество.

ИФНС не сильно переживает из-за этого, но что делать собственникам юр. лица? Как вернуть право на распоряжение и владение своим имуществом?

Для этого можно воспользоваться процедурой распределения имущества ликвидированного юридического лица, которая закреплена статьей 64 ГК РФ.
Арбитражный суд, вводя эту процедуру, назначает арбитражного управляющего, а он в свою очередь реализуем имущество и распределяет денежные средства между кредиторами (если они есть) и учредителями.